La primera estación de San Fernando se ubicaba aproximadamente en el lugar en el que ahora está la soterrada San Fernando - Centro. En esta antigua imagen se puede ver un vigilante de la estación junto a una locomotora, de la cual llama la atención su alta chimenea. A la derecha se aprecia el depósito de agua que aún se mantiene en el mismo sitio. Junto a él se ubica a la casa del guardabarreras junto al paso a nivel.
Andenes de la estación que fue demolida para el soterramiento del trazado.
La primitiva estación tuvo varias transformaciones, como se puede apreciar en las fotos que acompañan al texto hasta que fue derribada en 2007 para las obras del soterramiento de las vías. Esta obra suponía también eliminar el paso a nivel, que causaba frecuentes cortes de trafico y dificultaba la comunicación entre la población militar de San Carlos y el resto de la ciudad. La estación que aparece en las imágenes no fue la primitiva, ya que aquella era una construcción de madera.
Al observar otro foto tomada desde el andén principal en sentido Cádiz se aprecia el muro del cuartel del Tercio de Armada y el antiguo "Callejón del gas", por donde pasaba un ramal de las vías para transportar el carbón de cock con el que se producía el gas para el alumbrado público y privado de la ciudad. Estas vías también comunicaban con la desaparecida Constructora Naval pasando por detrás del Cuartel de Infantería de Marina.
En la fotografía de Ángel López tenemos una vista aérea de la antigua estación. En ella podemos comparar lo mucho que ha cambiado la zona: edificios que han desaparecido, huertas que ahora ya forman calles, el demolido patio de la maestranza, a la izquierda el paso a nivel junto al depósito de agua y el bar Las Delicias del Pasaje. En primer término en la parte baja de la imagen aparece parte de la Barriada España. También se ve el apartadero para el ferrocarril hasta la fábrica de gas.
En esta fotografía están señalados en verde los edificios del muelle de descarga de la estación. Una vía discurría desde la estación hasta dichos edificios, donde los vagones de mercancías descargaban. Estos terrenos se encuentran actualmente sin urbanizar entre las viviendas unifamiliares y el soterramiento de las vías, junto a la autovía que rodea San Fernando.
Imagen del antiguo paso a nivel que estaba provisto de puertas de madera en ambos lados. Al fondo podemos ver el Callejón del gas y el Bar Delicia del Pasaje, que se encontraba en la zona de San Carlos.