En 1959 se construyó la Aduana Nueva, un dificio neoclásico historicista (típico del franquismo), muy cerca de la estación, en el lugar del jardín que la unía a los muelles. Esta construcción ocultó la gran fachada original y redujo el tamaño del jardín lateral junto a la muralla.
En él se construyó la nueva estación que aún en obras comenzó a funcionar el 16 de octubre de 1966 con 3 nuevos y largos andenes, cubiertos con marquesinas de mariposa para 5 vías.
La antigua quedó para otros servicios como aparcamiento de trenes y vagones pendientes de uso. Es decir, fue cayendo en desuso y abandono.
Esta nueva estación fue calificada de “moderna” con servicios de consigna, equipajes, taquillas, telégrafo, cafetería, salas de espera, biblioteca y zona de aparcamiento. Se podrá decir y escribir todo lo que se quiera sobre esta construcción pero, al lado de la anterior, era una construcción lamentable de nulo interés arquitectónico y menos aún artístico. El edificio tenía incluso un hostal.
La nueva estación funcionó algo más de tres décadas y junto al hostal fue derribada dentro del proceso del soterramiento de la vía férrea y construcción de la actual.