A poca distancia de la portada de la estación, en el espacio que ocupaba el jardín que comunicaba ésta con los muelles se construyó en 1959 la Aduana Nueva, un mediocre edificio de un supuesto estilo historicista neoclásico (típico de las construcciones durante el franquismo) ocultando la gran fachada que se puede apreciar en fotografías anteriores. El jardín lateral al pie de la muralla vio muy reducido su tamaño.
En él se construyó la nueva estación que aún en obras comenzó a funcionar el 16 de octubre de 1966 con 3 nuevos y largos andenes, cubiertos con marquesinas de mariposa para 5 vías. La antigua quedó para otros servicios como aparcamiento de trenes y vagones pendientes de uso. Es decir, fue cayendo en desuso y abandono.
Esta nueva estación fue calificada de “moderna” con servicios de consigna, equipajes, taquillas, telégrafo, cafetería, salas de espera, biblioteca y zona de aparcamiento. Se podrá decir y escribir todo lo que se quiera sobre esta construcción pero, al lado de la anterior, era una construcción lamentable de nulo interés arquitectónico y menos aún artístico. El edificio tenía incluso un hostal.
La nueva estación funcionó algo más de tres décadas y junto al hostal fue derribada dentro del proceso del soterramiento de la vía férrea y construcción de la actual.