Tras pasar a depender el castillo de Puntales de la Marina de Guerra se fueron construyendo en los alrededores nuevas dependencias y muelles para cumplir su misión. Con anterioridad en 1884 tras la cesión de un terreno militar se construyó el llamado "Muelle de Hierro". Fue posible gracias a la labor de Salvador Viniegra, el cual gestionaba el testamento de Diego Fernando Montañés. Una empresa belga fue la encargada de su construcción bajo el proyecto del ingeniero de caminos Antonio Sanz con un coste de 1.388.899 pesetas.
El Muelle de Hierro fue llamado de esta manera debido a que toda la estructura, incluidos los pilotes que lo anclaban al suelo, eran de este metal. La empresa belga John Cockerill ideó un sistema que permitía colocar los pivotes con solo seis hombres y sobre ellos el resto de las vigas y jácenas. Así, la obra la entregaron en solo diez meses sin contratiempo alguno. El muelle se adentraba 700 metros en el mar con intención de que los barcos tuvieran calado suficiente. Estaba dotado de las correspondientes grúas y de una vía férrea instalada por Ferrocarriles Andaluces por la que podía enlazar con la Segunda Aguada y desde ahí con el tendido Cádiz - Madrid. Su principal cometido era la carga y descarga de mercancías en general.
El Muelle de Hierro estaba dotado de cinco grúas, una de ellas fija de mayor tamaño. Las otras cuatro eran móviles y giratorias. Como su funcionamiento era por vapor, existía una red de tuberías que les suministraba el agua necesaria. También había grifos para la limpieza del muelle, abastecer a los barcos y como sistema anti incendios ya que el suelo del muelle era de madera.
Como ya comentamos, la construcción del Muelle de Hierro fue posible al legado de Diego Fernando Montañés y Álvarez. Miembro de la burguesía mercantil gaditana dejó una inmensa fortuna a su muerte. Su testamento dejaba varios legados en beneficio de la ciudad como fue la traída de aguas a la ciudad y la construcción del muelle de Puntales y conclusión del muelle de la ciudad. El muelle pasó a ser propiedad del Estado el cual lo arrendó a la Compañía de Ferrocarriles Andaluces.
La modernización del muelle de la ciudad llevó a la decadencia de la actividad del Muelle de Hierro (también conocido como de "Viniegra y Valdés") de manera que en 1924 ya solo cargaba y descargaba fundamentalmente tabaco. A su vez y por falta de mantenimiento el muelle sufría un progresivo deterioro lo que llevó a su cesión por el Estado a las "Rentas del Tabaco" en 1928.
El crecimiento en población y actividad industrial en el caserío de Puntales llevó a plantear la mejora de los accesos a este lugar. La nueva línea férrea actuaba como separadora del resto de extramuros por donde transcurría el nuevo camino del arrecife. En 1859 el concejal Juan Antonio Ruiz de Bustamante propone al cabildo la creación de un nuevo arrecife que una Puntales con el que lleva a San Fernando. El proyecto se retoma en 1861 y poco años después (1867) se tiene que reparar y reformar lo construido.
La construcción del Muelle de Hierro también supuso la ocupación de parte de los terrenos de Puntales. El ramal del ferrocarril (1884) desde la Segunda Aguada hasta el muelle atravesaba varios terrenos propiedad de los Haynes, incluidos los astilleros, e incluso la población. Este ramal va a llevar al asentamiento de nuevas empresas.
Esto nos conduce a la gestación del muelle. Su construcción fue siendo concedida el 24 de marzo de 1881 a Salvador Viniegra Valdés contando para su financiación con fondos de la testamentaría de Diego Fernando Montañés e iniciando su construcción sobre terrenos del “paso de Puntales”. Para ello se contó con la sociedad John Cockerill iniciando los trabajos en mayo de 1882 con un coste de 1.388.859,56 pesetas.
Concluido el muelle de Puntales Salvador Viniegra decidió ofrecerlo a Andaluces para su explotación llegando a redactar el correspondiente contrato. No obstante la Testamentaria de Montañés decidió entregarlo al Estado, quien lo arrendó a Andaluces el 1 de diciembre de 1884.
El muelle de Puntales fue muy activo en su época con 210 metros de muelle donde se asentaban cinco vías permitiendo situar sobre ellas hasta 60 vagones. Permaneció hasta 1926 arrendado por la Compañía de Tabacos.
En la imagen aérea se aprecian los ramales que llegaban hasta Puntales. A la izquierda tras la torre de pisos se ve el ramal que venía paralelo a la zona industrial en la orilla de la bahía. Pasaba por delante de Construcciones Aeronáuticas para hacer un amplio giro que facilitaba el acceso a los depósitos de Campsa, a la central térmica y el cambio de vía para los depósitos de tabaco. También se puede ver el parque de vías de maniobras y aparcamiento de vagones existente junto a la central térmica. Más abajo se ve como aparece entre los bloques del Cerro del Moro otro ramal que venía directamente de la línea principal a la altura de Santo Tomás y enlazaba con el anterior. Obviamente existían varios pasos a nivel todos sin barrera ni más señalización que la vertical obligatoria. De todas formas la velocidad de los trenes era tan escasa que no producían más incomodidad que la espera al tránsito de composiciones habitualmente bastante largas.
En la foto se puede ver que las vías estaban en el centro de la calzada sin separación del tráfico rodeado ni peatones. Se observa cómo el asfaltado era muy mejorable así como la insuficiencia (o inexistencia) de alcantarillado lo que provocaba frecuentes inundaciones que obligaban a los peatones a protegerse como pudieran de las salpicaduras para diversión por supuesto de los niños.
Este ramal fue desmantelado antes del soterramiento como se puede ver en la foto del paso a nivel de Trille por el detalle del asfalto cubriendo estas vías y no la principal.