Según publicaba Diario de Cádiz, esta linea empezó a funcionar el 11 de mayo de 1903. Era un servicio para los trabajadores del Dique (astilleros) de Puerto Real con salida desde la estación de empalme a las siete de la mañana y regreso desde el dique a las seis menos diez de la tarde. Los trabajadores tenían que ir andando desde Puerto Real hast la estación en la Algaida. Pensemos en un paisaje menos humanizado que el actual, sin autopista, universidad o polígono industrial.
En 1907 ya se presta servicio desde la estación de Puerto Real. Al salir la composición en dirección al Puerto de Santa María era necesario hacer una maniobra en la estación de empalme para que la locomotora cambiara de posición y se colocase en el extremo contrario del convoy dirección Matagorda. Existía una plataforma giratoria para que la locomotora cambiara de sentido.
Este ferrocarril dejó de funcionar el 31 de julio de 1967 debido a las obras para la construcción de la autopista y el puente sobre la Bahía de Cádiz. No fue hasta 1973 cuando se desmantaron las vías y las instalaciones de empalme.